《四库全书馆发微》从图书整理的传统与四库馆的开设、四库馆人员的遴选及其特点、四库馆管理制度研究、四库馆内人数与人员设置比例、政治引导与学术影响——乾隆、朱筠与四库馆和四库馆臣的学术共性等方面，论述了有关四库全书馆的流程、制度、人员等特点。总结了编纂《四库全书》的有利因素：乾隆皇帝的支持；四库馆充分发挥了总裁的作用；四库馆总纂官拥有很大的裁决权；库馆内有大批优秀人才，分工明确合理；馆内资料丰富，馆臣重视实际调查。

导论
第一章 图书整理的传统与四库馆的开设
第一节 图书整理的传统
第二节 四库馆的开设
第三节 四库馆的组织机构与工作流程

第二章 四库馆人员的遴选及其特点
第一节 四库馆人员的遴选
第二节 四库馆人员遴选的特点

第三章 各职官分析
第一节 总裁
第二节 总纂官
第三节 总校官
第四节 纂修官及其他职官

第四章 四库馆管理制度研究
第一节 书籍管理
第二节 人事管理
第三节 奖惩制度

第五章 四库馆内人数与人员设置比例
第一节 总人数与实际在馆人数
第二节 编纂者与誊录人数比例及影响

第六章 政治引导与学术影响——乾隆、朱筠与四库馆
第一节 乾隆与四库馆
第二节 朱筠与四库馆

第七章 四库馆臣的学术共性
第一节 四库馆臣的理性意识与经世思想
第二节 “六经尊服郑，百行法程朱”——四库馆臣的潜规则

结语
附录：四库全书馆大事年表
参考文献