《外星人档案》一共分为六章，其中包括：政府部门的外星人档案、亲历第三类接触、在地球上发现的外星人踪迹、外星人与史前文明、真实的UFO目击事件、美国对外星人的科学探索。这六章内容围绕着对外星人与UFO的探索进行，并且清楚地交代了事件中外星人所起的作用，以独特的视角向广大公众还原史实，让公众轻松产生历久弥新的画面感受。

第一章 政府部门的外星人档案
——披露外星人真实存在的证据
物理学家称：外星人曾造访过地球
美国总统与外星人的“亲密接触”
1967年外星文明接触事件
美国国家航空航天局披露外星人的真实档案
非官方公布的UFO事件资料
UFO碎片与外星婴儿
天外文明在地球上留下的痕迹
美国FBI披露的爆炸现象
被中央情报局和军方操控着的部分UFO目击事件
各国专家推测的外星人基地

第二章 亲历第三类接触
——历史上人类与外星人的亲密接触
七万人集体目击的“法蒂玛奇迹”
人类接触外星人的奇怪遭遇
被外星人劫持的诸多事件
艺术家和外星人的亲密接触
离奇的全面接触事件
与外星人频繁来往的哥伦比亚人
“亚当斯基飞碟”的由来
由可怕光束引起的推测：外星人用人类做实验
科学家们对人类遭遇外星人劫持的解释
以美国军方和情报部门的接触事件

第三章 在地球上发现的外星人踪迹
——FBI档案里的外星人足迹
寻找外星人足迹：科学家重新构思探索地外文明
美国空军在罗斯威尔发现坠落飞碟
地中海下隐藏的外星人图形密码
在地球上发现的“外星人遗骨”
外星人在城市间静谧穿行
外星人在古史中留下的踪迹

第四章 外星人与史前文明
史前文明的未解之谜，
外星人与古埃及金字塔的不解之谜
外星人就是远古的史前文明创造者吗
震惊的史前超文明和外星人真相
南极洲外星人UFO基地与“不冻湖”
神秘的亚特兰蒂斯
木乃伊身上的外星人存在证据
地球黑洞百慕大：外星人画的魔鬼三角，
谁是玛雅文明的真正创造者：玛雅人还是外星人

第五章 真实的UFO目击事件
——被隐匿多年的目击档案
撒切尔夫人与UFO之间的秘密
奇异飞碟目击事件
较具可信度的UFO目击事件
追踪白宫上空出现的UFO
UFO为什么出现在地球
探访UFO基地

第六章 美国对外星人的科学探索
——揭秘迷雾重重的地外生命
揭秘地球之外的生命：寻找外星人
火星上的生命之谜
来自外太空的奇异电波
外星人一直关注着人类和地球
与外星人的空中对决
外星人的外貌形态异于人类
塔瑟尔事件：神秘的融合器
潜伏于地球的外星人UFO